Negli anni venti, insieme alla moglie Lucie Grote, si sottopone a un training analitico con Jung. Quando nel 1933 viene costituita, in Germania, la Società Medica Generale Tedesca per la Psicoterapia, alla cui guida gli psicoterapeuti scelsero Matthias Heinrich Goering, cugino del gerarca nazista Hermann Goering, Jung, cui fu offerta la presidenza (accettata), nominò come vice Heyer. Il distacco da Jung avviene a partire dall'adesione di Heyer al nazismo. Ha in supervisione Kaethe Buegler, la prima psicoterapeuta a fare analisi junghiana a Berlino. Con lei ha anche una relazione. Nel 1932 pubblica Der Organismus der Seele. Eine Einführung in die analytische Seelenheilkunde (L'organismo dell'anima. Un'introduzione alla psicoterapia analitica).