Gli istinti nell'uomo (in collaborazione con G. V. Caprara, A. De Coro), Venezia, Marsilio, 1976
Senso e contenuto della psicologia analitica, Torino, Boringhieri, 1977 (nuova edizione riveduta 1990)
Jung e la cultura italiana, Roma, Astrolabio, 1977
Psiche e inconscio, Venezia, Marsilio, 1978
Psicologia della liberazione, Milano, Moizzi, 1979
La scala che scende nell'acqua. Storia di una terapia analitica, Torino, Boringhieri, 1979 (5 edizioni - Edizione inglese, The Spiral Way. A Woman's Healing Journey, Toronto, Canada, Inner City Books, 1986)
Diario di una segreta simmetria. Sabina Spielrein tra Jung e Freud, Roma, Astrolabio, 1980 (nuova edizione 1999) (tradotto in inglese, francese, tedesco, portoghese, spagnolo, giapponese) (Edizione francese, Sabina Spielrein entre Freud et Jung. Aubier Montaigne, Paris, 1981 - Edizione inglese, A Secret Symmetry. Sabina Spielrein between Jung and Freud, New York, Pantheon Books, 1982 - Edizione portoghese, Diário de uma secreta simetria. Sabina Spielrein, Paz e Terra, Rio de Janeiro, 1984)
Il labirinto verticale, Roma, Astrolabio, 1981 (Edizione inglese, The Vertical Labyrinth. Individuation in Jungian Psychology, Toronto, Canada, Inner City Books, 1985)
Discorso sulla metapsicologia, Torino, Boringhieri, 1982 (due edizioni)
L'autunno della coscienza, Torino, Boringhieri, 1985 (due edizioni)
La colomba di Kant. Transfert e controtransfert nella relazione analitica, Milano, Bompiani, 1986 (due edizioni, tradotto in inglese. Prefazione di Johannes Cremerius - Edizione inglese, Kant's Dove. The History of Transference in Psychoanalysis, Wilmette, Illinois, Chiron Publications, 1990)
Eros e pathos. Margini dell'amore e della sofferenza, Milano, Bompiani, 1987 (22 edizioni complessive fra tascabili e normali. Prefazione di Gerard Lutte) (Eros and Pathos. Shades of Love and Suffering, Toronto, Canada, Inner City Books, 1989 - Eros e pathos. Amor e sofrimento, Paulus, São Paulo, 1994 - Edizione greca, Atene, 1995)
La nostalgia della memoria. Il paziente e l'analista, Milano, Bompiani, 1988 (prefazione di Salomon Reisnk)
The Difficult Art. A Critical Discourse on Psychotherapy, Wilmette, Illinois, Chiron Publications, 1992
La chiamata del Daimon. Gli orizzonti della verità e dell’amore in Kafka, Milano, Bompiani, 1989 (Edizione inglese, The Call of the Daimon. The Trial and the Castle, Wilmette, Illinois, Chiron Publications, 1994)
Le rose nella mangiatoia. Metamorfosi e individuazione nell’Asino d’oro di Apuleio, Milano, Raffaello Cortina, 1990
Amare Tradire. Quasi un'apologia del tradimento, Milano, Bompiani, 1991 (Edizione inglese, To love, To betray. Willmette, Illinois, Chiron Publication, 1996 - Edizione portoghese, Amar Trair. Quase uma apologia da traição, São Paulo, Paulus, 1994)
Trattato di psicologia della personalità e delle differenze individuali, Milano, Raffaello Cortina, 1991
Integrazione della personalità, Milano, Bompiani, 1992
Trattato di psicologia analitica (a cura di), Torino, UTET, 1992
Dizionario Bompiani degli psicologi contemporanei (a cura di), Milano, Bompiani, 1992
I sotterranei dell'anima, Milano, Bompiani, 1993
Riti e miti della seduzione, Milano, Bompiani, 1994
Jung e la cultura del XX secolo, Milano, Bompiani, 1995
La strategia di Peter Pan, Milano, Bompiani, 1995
Le lacrime del male, Milano, Bompiani, 1996
La mia vita per l'inconscio, Roma, Di Renzo Editore, 1996
Il fascino discreto dell'orrore, Milano, Bompiani, 1997
L'eclissi dello sguardo, Milano, Bompiani, 1997
Lettera aperta a un apprendista stregone, Milano, Bompiani, 1998.
Vivere la distanza, Milano, Bompiani, 1998.
Attraversare la vita, Milano, Bompiani, 1999.
Breve storia della psicoanalisi, Milano, Bompiani, 1999.
Il fondamento della personalità, Milano, Bompiani, 2000.
Pensare l'invisibile (con Edoardo Boncinelli), Milano, Bompiani, 2000
L'ultima Medusa, Milano, Bompiani, 2001
L'anima delle donne, Milano, Bompiani, 2001
Il gioco delle passioni. Dinamiche dei rapporti amorosi, Milano Bompiani, 2002.
Freud. Il perturbante, Milano, Bompiani, 2002.
Nel mondo dei sogni, Roma, Di Renzo Editore, 2003
L'ombra del dubbio. Amleto nostro contemporaneo, Milano, Bompiani, 2003
Il tempo delle emozioni, Milano, Bompiani, 2003
Oltre la terapia psicologica, Bompiani, Milano, 2004
La forza del male. Senso e valore del mito di Faust, Bompiani, Milano, 2004.
Nel 2007 è apparso, postumo, il contributo "Su Jung" incluso nel libro, curato da Riccardo Zerbetto, Fondamenti comuni e diversità di approccio in psicoterapia, Franco Angeli, Milano.
Nel 2010, a cura di Erika Czako, esce postumo il testo di Aldo Carotenuto: Apollineo e Dionisiaco. Seminari su Nietzsche, (a cura di Czako, E.), Editore Ananke, Torino, 2010
